Природо-математически факултет на ЮЗУ "Неофит Рилски" участва в договори за международно сътрудничество със следните университети:

• Univerzita Karlova v Praze (Charles University in Prague), Czech Republic
• Univerzita v Ljubljani (University of Ljubljana), Slovenia
• Universite de Rennes, France
• Universität Potsdam, Germany
• West Pomeranian University of Technology, Szczecin, Poland
• Cardinal Stefan Wyszynski University, Warsaw, Poland
• Universidade Nova de Lisboa, Portugal
• Afyon Kocatepe University, Afyonkarahisar, Turkey
• Transilvania University of Brasov, Brasov, Romania
• Babes-Bolyai University, Cluj-Napoca, Romania
• Университет "Св. св. Кирил и Методий", Скопие, Македония,

както и

• Институт по математика и информатика - БАН
• Национална лаборатория по компютърна вирусология - БАН
• Рамково споразумение с Търговско-промишлена палата - Благоевград
• DAAD Project "Center of Excellence for Applications of Mathematics" (2001-2016):

http://www2.math.uni-wuppertal.de/~heilmann/SEE/coordinators_and_partners.html