Природо-математическият факултет е създаден с решение No 195 на Министерски съвет от 27.12.1989 г. Високата квалификация и съобразяването на учебната програма с международните стандарти позволява на завършилите успешно реализиране както в български, така и в чуждестранни фирми.

Значителна е дейността на Факултета при провеждане на научни мероприятия. През 1987 г. е проведена Първата международна конференция по дискретна математика и приложения, организирана от Катедрата по математика. От 1990 г. до 1999 г. катедрите по Информатика и Математика са активни участници в проектите по програмата TEMPUS. Част от преподавателите в ПМФ са стипендианти на фондацията ''Александър фон Хумболт". Катедра Физика е съорганизатор на националните конференции по физика през 1991 г. в Благоевград и 1994 г. в гр. Банско.

По договор с ИОНХ-БАН катедра "Физика" съвместно с катедра "Химия" бе изграден Слънчев енергиен център за обучение на студенти и научни изследвания на съвременни технологии за усвояване на слънчевата енергия. Катедрата по Химия към ПМФ организира през 1995 г. международен симпозиум "Инструментални методи на приложната аналитична химия". През 1997 г. се проведе втория международен симпозиум "Приложение на инструменталните методи на аналитична химия", а през 1999 г. и третия - "Приложение на инструменталните методи в биоорганичната химия и екологията" с участие на изтъкнати научни работници от Македония, Германия, Австрия и Унгария.

От 2005 г. насам на всеки две години Факултетът организира международната конференция International Conference of the Faculty of Mathematics and Natural Sciences (FMNS) със секции по Математика и Информатика, Технически науки, Физика, Химия, Възобновяеми енергийни източници, География, екология и опазване на околната среда, Методика на обучението.