Една от интересните и важни задачи, която климатичните наблюдения на Вихрен целят да изпълнят, е да сравнят условията на пиринския най-висок връх с тези на рилския първенец Мусала. Разликата във височината на двата върха е само 11 метра, поради което всички различия в измерваните показатели ще се дължат на влиянието на географската ширина и на атмосферната циркулация. Географската ширина на Мусала е 42° 11' с. ш, докато тази на Вихрен е 41° 46' с. ш., тоест, разликата е 25 минути или 5/12 от градуса, или 1/216 част от разстоянието между Екватора и полюса. Отстоянието между двата върха по права линия е 49 км.

По-ниските температури на Вихрен спрямо тези на Мусала се проявават предимно през топлото полугодие, когато на двата върха липсва снежна покривка. Вероятно през този период разликата се дължи на обстоятелството, че белите мраморни скали на Вихрен се нагряват от Слънцето по-слабо, отколкото сиво-черните гранити на Мусала. В условията на снежна покривка по-определящо се оказва по-южното разположение на Вихрен, при което отбелязаните на Мусала температури са по-ниски с няколко десети от градуса.

Най-големи разлики между температурите на двата върха (над 1°С по-топло на Вихрен) са отбелязани през април и юни 2015 г., както и през януари 2016 г.  Вероятна причина: нахлуване на топъл въздух от юг-югозапад, който по-слабо засяга Рила в сравнение с Пирин.

Един от най-интересните резултати при сравняването на температурите на Вихрен и Мусала безспорно е постепенното намаляване на разликите между температурата на двата върха: докато през 2015 г. вр. Вихрен е с 0,7°С по-топъл от Мусала, то през 2017 разликата е само 0,1°С, а за първите 9 месеца на 2018 г. Вихрен остава даже с 0,1°С по-хладен от Мусала (табл. 5). Месеци, в които Вихрен се оказва с по-ниска температура, въпреки по-южното си разположение, са отчетени най-вече през 2017 и 2018 година, и то предимно през топлото полугодие - между април и септември.

Таблица 1. Средни месечни и годишни температури на вр. Вихрен и вр. Мусала за периода XI.2014 - IX.2018 г.

Таблица. 2. Разлики между средномесечните и средногодишните стойности на температурата на въздуха при Вихрен и при Мусала за периода XI.2014 - IX.2018 г. Месеците, през които на вр. Вихрен е било по-студено, са маркирани в синьо.

Още не са изяснени причините за наблюдаваното явление - дали то се дължи на промени в атмосферната циркулация или на неточности при измерванията.