Център по логопедия
Директор на центъра: доц. д-р Миглена Симонска

Център по философия и психоанализа

Директор: доц. д-р Георги Донев
Създаден през 2014 г.

Център за изследвания и разпространение на политически идеи

(Сайт: http://www.centrerdppi.com/)
Директор: проф. дн Лазар Копринаров
Създаден през 2009 г.

Център по спортни науки

Ръководител: Проф. д-р Стоян Иванов
създаден с решение N24/19.01.2016 на ФС на Факултет Обществено здраве, здравни грижи и спорт

Учебно-изследователски център Здравни грижи

Ръководител д-р Росица Дойновска
създаден с решение на ФС №24/19.01.2016

Център за функционални изследвания в спорта и кинезитерапията

Ръководител проф. д-р Невена Пенчева
създаден с решение на акад. съвет протокол N 18/ 5.5.2013

Център за съвременни биоинформатични изследвания

Ръководител проф. д-р Петър Миланов
създаден с решение на акад. съвет протокол N 18/ 5.5.2013

Югоизточна Европа и Мала Азия - средище и кръстопът на цивилизации

Ръководител: Проф. д.ист.н. Калин Порожанов
Създаден с решение на АС през 1990 г.

Международен университетски център (семинар) за балканистични проучвания и специализации

Ръководител: Доц. д-р Елена Тачева
Създаден с решение на АС през 1990 г.

Университетски център за изследване на заекването

Директор на центъра: проф. д-р Добринка Георгиева
Създаден с решение на АС през 2000 г.

Мултимедиен център по компютърна архивистика, дигитални архиви и история на местното самоуправление

Ръководител: доц. Марияна Пискова, доц. Кристина Попова;
Създаден с решение на АС през 2003 г.

Център за междукултурни социални и образователни взаимодействия (ЦМСОВ)

Ръководител: доц. Д-р Анастасия Пашова
Решение на АС № 84 от 24.02.2003 г.

Център за кариерно развитие

Ръководител: доц. д-р Блага Джорова

Университетски научно-изследователски център за древни европейски и източносредиземноморски култури

Ръководител: проф. д.н.к. Васил Марков

Европейски документационен център към Правно-исторически факултет

Ръководител: Д-р Николай Марин

Център за немски идеализъм към Философския факултет на ЮЗУ "Неофит Рилски" - Благоевград

Ръководител: проф. дфн Валентин Канавров

Solar energy centre, faculty of mаthematics and natural sciences, SWU-Blagoevgrad

Отговорник за EPSILON project: доц. д-р инж. Митко Стоев
Създаден По EPSILON, ЕС проект м/у ПМФ, ЮЗУ и БАН, 1998 г.

Научно-изследователски център по психично здраве

Директор на центъра: Проф. д-р Миладин Апостолов
Създаден с решение на АС през 2002 г.

Университетски ресурсен център за франкофонски изследвания (УРЦФИ)

Директор на центъра: Проф. Явор Конов, доктор на науките
Създаден с решение на АС през 2007 г.

Център за продължаващо обучение към Факултета по педагогика

Създаден с решение на АС, пр.. № 16 от 1.07. 2009 г.
Директор на центъра: доц. д-р Красимира Марулевска
Зам. директор: Гл.ас. д-р Мая Сотирова

Център по биопсихофизически явления

Ръководител - проф. Антон Антонов

Център за изследвания и квалификация при Стопанския факултет

Ръководител - доц. д-р Георги П. Георгиев